南通市中医院是“三级甲等中医院”和“全国示范中医院”、南京中医药大学南通附属医院和南通大学附属南通中医院。先后获得“全国红旗单位”、“全国医药卫生先进集体”、“省文明医院”、“省、市文明单位”、“省抗非先进集体”、“江苏省五一劳动奖状”、“省、市医院管理年活动先进单位”、“南通市服务经济建设最佳单位”、“市十佳医院”、“无红包医院”等称号。
医院科室设置齐全，人才济济，设备先进，专科特色显著。共有一级临床和医技科室25个，二级临床科室13个，核定床位600张。医院现有职工888人，具有高级职称者140人。有全国名中医4人，省名中医3人，市名中医7人，享受国务院专家特贴6人。朱良春先生为国医大师。全国及省名老中医药专家带徒14人，全国优秀中医研修人才7名，省中医药领军人才1名，省333工程第三层次培养对象4名。国家级名医工作室2个，外科、脾胃病科为全国重点专科建设单位，其中，外科的蛇伤专科2011年通过国家中医药管理局评审，成为全国重点专病，脾胃病科、骨伤科、妇科为省重点专科，呼吸内科、肾病科为省重点建设专科。市重点专科有11个。年门急诊量达50多万人次，年出院病人1.5万人次。